Reţeaua hidrografică în est este tributară râurilor Olt şi Mureş. Afluenţii lor coboară din Harghita de cele mai multe-ori din câte un crater îmbătrânit, erodat, care au ferestruit de mult marginile acestora, drenând apele lacurilor vulcanice acumulate în interiorul lor. Ultimii martori ai acestora sunt aşa numite „mlaştini înalte"din craterul Fagul Mare (Tinovul Luci), Ostoroş (Lacul Dracului), Ciomad (Tinovul Mohoş) şi Puturosu (Buffogo).
Astfel, cele mai mari pârâuri din partea estică a Harghitei sunt: Senetea pentru Mureş; Madicea şi Loc (Cârţa), Mădăraşul Mare, Cetăţii şi Beta (Ciceu, M-Ciuc), Valea Mare (Sâncrăieni),Vermed (Sântimbru), Asău (Cetăţuia), Mitaci (Tuşnad Nou) pentru Olt.
Pârâurile care izvoresc în versantul vestic, sunt mult mai lungi, ele brăzdează Platoul Harghitei, şi în majoritatea cazurilor sunt paralele între ele. Sunt tributare Târnavei Mari şi pârâului Baraoltului, care la rândul său se varsă în Olt. Acestea sunt: Şicasău, Izvoare (Ivo), Homorodul Mic şi Mare, Vârghiş, Cormoş, Bradul şi altele.
Harghita are un singur lac natural în masivul Ciomat, Lacul Sf.Ana. Lacul de acumulare de la Subcetate Zetea se află pe Târnava Mare. Este construită pentru alimentarea cu apă a oraşului Odorheiu Secuiesc; constituind totodată o zonă turistică şi peisagistică deosebit de frumoasă în judeţ.
Autor: Zsigmond Enikő