Istoria judeţului, atât în vremea în care existau unităţile teritoriale de auto-administrare tradiţionale, cât si în vremurile în care aceste teritorii au aparţinut altor regiuni, a fost definită de secuime, până în ultima perioada a erei moderne. Scaunele Secuieşti, când împreună, când dezbinate au participat activ la formarea şi evoluţia evenimentelor, dintre care prezentăm numai cele mai importante.
Istoria Ciucului şi a Odorheiului este inseparabilă de istoria generală a Secuimii, deoarece, la începuturi, ambele regiuni erau formate dintr-o suită de mici aşezări cu un număr relativ mic de locuitori, fără forţa necesară pentru influenţarea mersului istoriei. Secuimea - deci şi locuitorii acestei zone - a participat la toate războaiele şi bătăliile importante ale regilor Ungariei.
Funcţiile în secuime erau moştenite în rândul păturii superioare - primorii. După ele urma pătura familiilor cu proprietăţi mai mici, care erau totuşi capabile să trimită călăreţi în război - primimpilii. Ultima pătura era reprezentată de cei mai puţin înstăriţi, capabili să echipeze numai războinici pedeştrii - pixidarii.
Prima bătălie importantă, cu efect asupra istoriei locale a fost bătălia oştilor conduse de Sfântul Rege Ladislau împotriva cumanilor,. Mărturie acestui fapt stau numeroasele reprezentări pe picturi murale, picturi sau alte decoraţii bisericeşti a regelui sfânt şi a legendei acestuia. Cea mai frumoasă şi bine conservată dintre acestea este pictura murală din peretele nordic şi vestic al bisericii din Mugeni.
În secolul al XV-lea începe perioada de transformări şi reconstrucţii masive ale bisericilor în stil gotic, având ca prim obiectiv fortificarea acestora, ca reacţie la desele incursiuni tătăreşti. Apar turnurile înalte, puternice care ofereau vizibilitate mărită (de regula în partea vestica a bisericilor), echipate cu elemente de construcţii defensive, specifice cetăţilor medievale şi îngrădirile fortificate ale bisericilor. Biserica din Dârjiu, de exemplu, nu numai că a fost îngrădită şi turnul fortificat, dar întreaga biserică a fost supraînălţată şi completată cu elemente defensive.
Secuii au participat şi la campaniile regelui-cavaler, Zsigmond (Sigismund), care, cu ocazia campaniei sale antiotomane din Moldova din 1397, a ridicat la rang de scaun comunitatea aşezărilor din Casin. De fapt, aceasta perioada cuprinsa între anii 1366-1427, este perioada formarii scaunelor secuieşti.
"Hunyadi János (Iancu de Hunedoara) a fost foarte încântat de secui ..." - scrie istoricul Endes Miklós. Dovada acestuia stau numeroase fapte a marelui conducător de oşti, de exemplu din donaţia sa a fost renovată şi extinsă biserica veche şi mănăstirea de la Şumuleu.
Regele Matei Corvinul a fost cel care a ordonat organizarea primului recensământ (lustrum) în secuime. Tot el este cel care, în 1475 a trimis o oaste de 5000 de secui din Ciuc pentru sprijinirea domnitorului moldovean Ştefan cel Mare în luptele sale antiotomane.
Voievodul Transilvănean Báthori István, care deţinea şi titlul de conducător suprem al secuilor, a emis taxe asupra acestora în contradicţie cu legile de până atunci şi cu statutul special al secuimii, care îşi plăteau dările "în sânge" cum au formulat în protestul înaintat. Ca urmare a protestului secuimii, Regele II Ulászló a convocat la Odorhei adunarea naţională a secuilor, forul suprem legislativ al acestora. (Adunări similare s-au ţinut şi în Zabala în 1466, apoi în 1506 la Lutiţa - după aceasta locul obişnuit al acestor evenimente.) Cea mai importantă adunare a fost ţinută tot la Lutiţa, în 1848.
La adunarea naţională din 1558 din Turda din nou s-au emis taxe asupra secuimii, ca urmare, în 1562 aceştia s-au răzvrătit împotriva principelui János Zsigmond. Răscoala a fost înăbuşită în sânge şi, la adunarea naţională din acelaşi an de la Sighişoara, Secuimea a fost declarată "domeniu liber al regelui", cu aceasta începând procesul de destrămare a vechii organizări secuieşti. Secuimea a fost treptat înglobată în sistemul uniformizat al judeţelor.
Între timp,, în Transilvania în cadrul bisericii au apărut ideile reformate , care, mai ales la presiunea principelui, au câştigat teren şi în zona Odorheiului. Ciucul a rămas fidel catolicismului. În primăvara anului 1567, principele a pornit cu oastea împotriva secuilor din scaunul Ciucului, să-i convertească cu forţa. În sâmbăta Rusaliilor, conduşi de preotul din Joseni, aceştia s-au opus şi au învins. De atunci pelerinajul de Rusalii, chiar schimbat între timp - este de fapt şi comemorarea acestui eveniment.
După moartea principelui János Zsigmond secuii ajunşi în pragul foametei din cauza dărilor exagerate s-au prezentat înarmaţi la adunarea naţională din Teiuşi cerând abolirea taxelor, dar noul principe, Báthori István le-a refuzat cererea. Ca urmare secuii din Ciuc si Gheorgheni s-au răzvrătit de câteva ori, dar ramaşi singuri n-au avut sorţi de izbândă.
După alegerea ca rege a Poloniei a lui Báthori, mulţi dintre secui i-au urmat în războaiele sale, mulţi din ei pierind departe de ţară. Un episod interesant al acestei aventuri este apariţia secuilor în analele suedeze că războinici neînfricaţi şi deosebit de disciplinaţi.Báthori Zsigmond, următorul principe al Transilvaniei a ademenit secuii în campaniile sale împotriva turcilor cu promiterea restaurării libertăţilor acestora. Printre altele, secuii din scaunele Odorheiului şi Ciucului care au ajuns iobagi din cauza introducerii taxelor au fost dezrobiţi .
Báthori Zsigmond a fost urmat de Báthori Endre, ucis de secuii din Sândominic după bătălia pierdută în favoarea lui Mihai Viteazul. Aceasta a fost ca urmare a unei serii de conflicte, parţial la îndemnul lui Mihai Viteazul, care la rândul lui le-a promis restaurarea libertăţilor şi ştergerea taxelor. Ca urmare a greşelilor în lanţ a familiei Báthori, secuii s-au alăturat lui Mihai Viteazul, care s-a prezentat lor, conform documentelor vremii, ca generalul împuternicit al împăratului Rudolf al Austriei. Mihai, după ce secuii l-au ajutat în mod decisiv cucerirea Transilvaniei şi Moldovei, s-a şi ţinut de cuvânt, însă drepturile recâştigate au fost revocate în anul 1600.
Principii Báthori Zsigmond, Bocskai István si Bethlen Gábor au restaurat pentru un timp destul de lung vechile drepturi şi libertăţi, acesta din urma beneficiind de capacitatea militară crescută a secuimii în urma celor câteva decenii de libertate.
Principele Rákóczi György I le-a confirmat drepturile secuilor, dar primorii deja au fost cuprinşi în categoriile nobilimii, deci vechea organizare socială n-a mai fost restabilită din plin. Conscripţiile vremii cuprind nu numai pe aceştia, dar şi pe celelalte două categorii (primimpilii – călăreţi şi pixidarii – dorobanţi).
Rákóczi György al II-lea a fost foarte favorabil secuilor, care, la rândul lor, l-au ajutat mult. El a fost cel care a confirmat privilegiile breslei secuilor din Ciuc şi a ridicat cu mult numărul primimpiilor. În 1657 a pornit campania pentru cucerirea tronului Poloniei bazându-se pe trupele secuieşti. Ca represalii, Poarta Otomană a ordonat un atac devastator în Secuime în anul 1661.
În august 1690 au ajuns în Transilvania trupele lui Thököly Imre, care, cu ajutorul secuilor a învins trupele imperiale austriece.
În 1691, odată cu "Diploma Leopoldinum", Transilvania ajunge sub dominaţia Imperiului Habsburgic. Toate deciziile importante - inclusiv cele care până la aceasta dată au fost privilegiile comunităţilor secuieşti - de la această dată se iau la Viena sau în cel mai bun caz de cancelaria guvernatorului austriac al provinciei - Gubernium - din Sibiu.
Între 14-15 februarie 1694 tătarii din Crimeea intră prin pasul Ghimeşului în Ciuc, devastează tot Ciucul de Sus şi iau ca prizonieri sau măcelăresc locuitorii luaţi prin surprindere.
În 1700, Secuimea este iarăşi sub jurisdicţia Imperiului Habsburgic, taxele noi emise duc populaţia mult încercată în pragul foametei. Secuii care au sprijinit mişcarea revoluţionară şi de eliberare a lui Rákóczi Ferenc al II-lea pierd câteva bătălii importante. Pe tot cuprinsul luptelor regiunea îşi schimbă stăpânul de câteva ori, pierderile suferite fiind importante.
În 1710, o dată cu stabilizarea dominaţiei Habsburgice este numit în Miercurea-Ciuc generalul Steinwille, care, printre altele reconstruieşte Cetatea Mikó în forma pe care o cunoaştem şi azi.
Perioada de dominaţie Habsburgică, pe lângă multiplele sale efecte negative a avut şi câteva efecte benefice. Una din aceste efecte este vizibile şi azi, majoritatea bisericilor din zonă şi-au căpătat forma actuală în această perioadă. Elementele de stil baroc, majoritatea picturilor votive, altarele, chiar şi unele biserici datează din aceste secole.
Urcarea pe tron a împărătesei Maria Theresa a fost primită în Secuime cu încredere, dar odată cu începerea războiului de şapte ani, în 1742, perioada de relaxare de la începutul domniei a fost brusc întreruptă de revenirea la organizarea strictă pe criterii militare, mulţi din tinerii din zona fiind duşi în ţări îndepărtate ca să servească intereselor militare ale Imperiului.
În 1749 Maria Theresa reconfirmă privilegiile tipografiei mănăstirii franciscane din Şumuleu.
Cel mai important eveniment al acestei perioade este începerea organizării batalioanelor grănicereşti din secuime după modelul austriac în anul 1760. După mişcările revoluţionare de la începutul secolului, secuii au fost dezarmaţi de autorităţile austriece, privilegiile lor ("libertăţile secuieşti") îngrădite sau chiar suspendate. Apărarea graniţelor a fost asigurată de trupe de mercenari din afara Secuimii, care, pe lângă costurile ridicate nu au putut suplini protecţia oferită în prealabil de secui, care îşi apărau nu numai graniţele ţării, ci şi propriile familii şi gospodariile. Soluţia la îndemână era reorganizarea apărării graniţelor bazată pe forţa secuimii. Dar armata imperială a ignorat sistemul străvechi şi a vrut să introducă un nou sistem, bazat pe înglobarea completă a trupelor de grăniceri în sistemul militar austriac, de la limba de instrucţie până la statutul juridic al zonei, sistem aplicat peste tot în imperiu. Trupele nou create urmau să fie conduse de ofiţeri austrieci şi urmau să fie folosite pe tot teritoriul imperiului, nu numai pe teritoriul Secuimii. Aceste idei noi nu erau compatibile cu tradiţiile, modul de viaţă, economia zonei. Drept urmare secuii s-au răzvrătit şi s-au adunat la Siculeni, unde, în ziua de 6 ianuarie 1764 au fost căsăpiţi de armata austriacă. Evenimentul a intrat în istorie sub numele de SICULICIDIVM, comemorat de monumentul din Siculeni. În urma evenimentelor de atunci un număr mare de secui au trecut munţii, stabilindu-se în Moldova şi Bucovina.
În şedinţa din 11-12 octombrie 1784 a scaunelor secuieşti ia fiinţa judeţul Ciucului şi Odorheiului - prima formaţiune care prefigurează organizarea teritorială de azi. Stema noului judeţ este combinaţia dintre stemele vechi ale scaunelor Odorheiului şi Ciucului. În anul 1819 se construieşte primul drum pavat dintre Miercurea-Ciuc si Odorhei, respectiv Sânmartin, necesar îmbunătăţirii circulaţiei poştei imperiale.
Evenimentele din secolul al XIX-lea din Secuime urmează tiparele din restul ţării, evenimentul principal fiind revoluţia şi lupta pentru independenţă din 1848-1849. Secuii au jucat un rol important în evenimentele de atunci..
După 1849, presiunea imperiului Habsburgic slăbeşte considerabil, urmează o perioada de relaxare, de dezvoltare, care însă nu atinge cotele văzute în restul Transilvaniei. Aceste aproape două secole negre, care s-au încheiat abia în ultimii ani ai secolului al XIX-lea, au avut ca rezultat o importantă rămânere în urmă a regiunii, care nu a putut beneficia nici măcar de perioada de dezvoltare explozivă de nivel european cunoscută de restul ţării în perioada dualismului. Abia în ultimii ani ai secolului, o dată cu construirea căilor ferate ce traversează zona, Secuimea începe să se dezvolte într-un ritm considerabil. Această perioadă zbuciumată a fost urmată de perioada marcată de primul război mondial şi tratatele de pace care marchează până în zilele noastre istoria Europei Centrale şi de Est